W grze Risen 2: Dark Waters dostępne są trzy frakcje: Inkwizycja, Piraci oraz plemię Shaganumbi.
Główny bohater, znany nam z pierwszej części od początku gry przypisany jest do Inkwizycji, która to zleca mu zadanie, udania się na archipelag wysp, celem zbadania przyczyn ataków potworów z głębin, w konsekwencji których, gatunkowi ludzkiemu grozi zagłada. Żołnierze Inkwizycji oprócz broniami jednoręcznymi posługują się również muszkietami, bardzo efektownymi broniami dystansowymi.
Pomimo przynależności Bezimiennego do konkretnego obozu, będzie on zmuszony do kontaktu i ścisłej współpracy
z członkami innego obozu, tj. Piratów. Ci bowiem, jak wieść gminna niesie, posiedli wiedzę, jak rozprawić się z owymi stworami i zetrzeć je z powierzchni ziemi, raz na zawsze.
W trakcie gry nasz bohater ma również możliwość sprzymierzenia się z Shaganumbi, plemieniem które przed akcją gry toczyło spokojne życie. Indianie są w stanie nauczyć nas władania magią voodoo, walki bronią dwuręczną, warzenia eliksirów oraz tworzenia laleczek potrzebnych do kontrolowania niektórych postaci w grze.
