Piranha Bytes rezygnuje ze standardowych trzech obozów i w ELEX 2 będziemy mieli do wyboru pięć różnych frakcji. Oprócz starych znajomych w grze będzie dostępna jedna nowa grywalna frakcja Morkoni. Kolejną nowością są główni przeciwnicy, najeźdźcy z kosmosu Niebianie.
BEZ FRAKCYJNI
Nowością w ELEX’ie 2 jest możliwość grania bez przyłączania się do frakcji. Zgodnie ze słowami Bjorna Pankratza była to jedna z najczęściej powtarzających się próśb wśród fanów. Dodatkowo będzie można zmienić zdanie na temat wybranego ugrupowania. W pewnym momencie staniemy przed decyzją: podążać nową drogą jako wolny strzelec albo dołączyć do innej frakcji.
MORKONI
Morkoni to zupełnie nowa frakcja w grze Elex 2. Kiedy meteor uderzył w Magalan, niektórzy ocaleni uciekli do podziemnego systemu tuneli i żyli życiem w ciemności i ubóstwie. Używając metalu i złomu ze zniszczonego miasta zbudowali swoją broń. Ze względu na ograniczony dostęp do żywności i innych zasobów, ustanowili surowe zasady reprodukcji i akceptacji ludzi z zewnątrz. Z biegiem czasu zasady te stały się religią a członkowie plemienia zaczęli nazywać siebie Morkonami. Ostatnio zaczęli opuszczać swoją izolację i chcą szerzyć swoją religię w całym Magalanie, gdy ktoś się im sprzeciwi są zdolni zgładzić każdego.
BERSERKOWIE
Berserkowie wywodzą się z ludzi ocalałych po uderzeniu meteorytu, którzy mieli bardzo ograniczony lub wręcz zerowy dostępu do technologii. Rozwinęli się w średniowieczną kulturę rolników, myśliwych i uzdrowicieli, którzy gardzili wszystkim, co zawierało technologię. Kiedy ich ówczesny duchowy przywódca odkrył, jak przemienić niebieski elex w to, co nazywali Maną, w końcu mieli broń przeciwko Albom. Niebieski elex zamienił niegdyś zielone i bujne obszary w zimne i martwe krajobrazy, ale niektóre rośliny wzbogacone o ich Manę, zwane sercami świata, mogły odwrócić ten efekt i przywrócić życie na planecie. Mana dała im również dostęp do zdolności podobnych do magii, dzięki czemu stali się potężną frakcją nawet bez żadnej technologicznej broni i pomocy. Po wojnie w Elex 1 zaczęli przekształcać jałową pustynię Tavar w zieloną krainę z Wszechsercem. To spowodowało, że Banici z Tavaru podzielili się na kilka mniejszych podgrup, a jedna z nich dołączyła do Berserków. To zmieniło frakcję. Chociaż oficjalnie Kaja została ich nowym duchowym przywódcą, ponieważ jest potężnym magiem, który mówi, że ma moc „przemawiania” do Elexa, wielu Berserków nie chce już żyć prostym życiem bez technologii i chce sprowadzić frakcję w nową, bardziej nowoczesną epokę.
ALBOWIE
Albowie wywodzą się od Kleryków, którzy nie chcieli dotrzymać przysięgi czystości używania Elexu (wykorzystywać go tylko do zasilania martwych przedmiotów). Zaczęli konsumować Elex jak cukierki dzięki czemu rozwinęli magiczne moce, ale w tym procesie stracili empatię i emocje. Ich celem było i nadal jest osiągnięcie kolejnego poziomu ewolucji. Początkowo myśleli, że będą w stanie to osiągnąć poprzez nadmierne spożycie Elexu, ale stali się podatni na zepsucie, które wmawiał im Hybryda. Po upadku Hybrydy w ELEX 1 Albowie zaczęli dostrzegać pozytywne skutki odczuwania emocji. Separatyści, umiarkowana grupa Albów, którzy dostrzegali niebezpieczeństwa wynikające z nadmiernego używania Elexu, przekonali przywódców Albów do ograniczenia spożycia Elexu. Dzięki tej decyzji przestali być zagrożeniem dla wszystkich innych frakcji. Jednak nadal uważają się za lepszych od wszystkich innych na Magalanie i dążą do swojego celu, jakim jest ewolucja.
KLERYCY
To chorobliwie sprawiedliwa i wysoce rozwinięta frakcja, która uważa, że ich zadaniem jest uratowanie Magalana przed ludźmi, którzy kierują się ich niższymi instynktami i używają Elexu w inny sposób niż oni. Mają prawo czystości, które wymaga, aby Elex nie mógł być konsumowany, a jedynie używany do zasilania martwych maszyn. W Elex 1 Jax odkrył, że opowieści o ich bogu Calaanie, którego czcili, były kłamstwem, ale to nie powstrzymało ich od wiary w ustalone nauki. Wierzą, że są ostatnim bastionem, który stoi między przetrwaniem a zniszczeniem. Chociaż jest ich niewiele, inni obawiają się ich wysoce zaawansowanej broni plazmowej, której używają do nawracania każdego, kto nie chce przyłączyć się do ich misji. Klerycy zapłacili wysoką cenę w wojnie z Albami. Nie tylko stracili swój dom w Ignadonie, ale także wielu ich braci i sióstr padło na polu bitwy.
BANICI
Podczas gdy inne frakcje wykorzystywały Elex do magii lub postępu technologicznego, Banici używali go do produkcji narkotyków i stymulantów. Nigdy nie mieli żadnej wielkiej wizji ani celu, poza tym, żeby się naćpać i zamordować sąsiada, aby zdobyć to, co posiada. To banda przestępców i narkomanów, biorących co tylko mogą. Ich mantrą jest prawo najsilniejszego. Kiedy Berserkowie terraformowali pustynię Tavar z powrotem do żyznego regionu, wielu ludzi z innych frakcji przybyło tam i osiedliło się, przeganiając Banitów z Tavaru. Niektórzy zostali i stali się częścią Berserków. Inni udali się do okolic krateru Ateris, próbując kontynuować swój bezprawny tryb życia.
NIEBIANIE
Wydawało się, że Niebianie pojawili się znikąd, ale rozprzestrzenili się w tempie błyskawicy po całym Magalanie. Czerpią swoją moc z ciemnego Elexa, nowej i bardziej agresywnej formy niebieskiego Elexa. Mają masywne „Konwertery” – ogromne struktury, które zaczęły przekształcać otaczające ich środowisko. Ciemny Elex zaraża wszystko – rośliny, zwierzęta, a także ludzi. A kiedy są zarażeni, zmieniają się… niektórzy umierają, inni stają się „Niebianami”. Niebianie są niesamowicie potężni, bezwzględni, zdeterminowani i strategiczni, a zatem są prawie niezwyciężeni. Wydaje się, że ich celem jest przekształcenie całego Magalanu. Nie mają moralności ani systemu wierzeń. Znają tylko swój cel i robią wszystko, aby go osiągnąć.
