W Gothic 3 system gildii odchodzi w zapomnienie. Teraz mamy do dyspozycji frakcje, dla których możemy pracować, zdobywając w ten sposób reputację. Potrzebna jest ona między innymi do tego, żeby dostać się pokojowo w jakieś ważne miejsce, lub zakupić lepszy pancerz.
Ugrupowania są parami, wrogo nastawione do siebie. Nie wyklucza to wykonywania zadań dla obu frakcji, lecz w niektórych misjach, trzeba wybrać jedną z nich. W grze występuje ich sześć, oto one:
Buntownicy – ludzie walczący z okupantami, wierni królowi. Służą Innosowi. Można ich spotkać, niemal w całej Myrthanie. Ukrywają się po lasach i jaskiniach. Największymi obozowiskami są Reddock, Okara i Nemora, no i oczywiście dawna stolica – Vengrad, częściowo zajęta przez najeźdźce. Do tego dochodzi jeszcze Ardea, świeżo odbita zaraz po rozpoczęciu gry. Spora grupa ukrywa się także, w lasach na północ od Silden, są jeszcze 4 mniejsze obozowiska: jedno koło świątyni w Trelis, trzy w okół Montery i jedno po drodze do niej, z Cape Dun. Do królewskich rebeliantów zaliczamy także: paladynów, magów ognia i strażników króla. Reputację zdobywamy głównie wyzwalając miasta.
Przywódca: Król Rhobar II.
Zbroje do zdobycia: lekki pancerz buntownika, pancerz buntownika, ciężki pancerz buntownika, szata ognia, pancerz ceremonialny i pancerz paladyna.
Orkowie – rasa która opanowała kontynent (tereny centralne), silne, potężne zbudowane i głupie, chociaż nie do końca, bestie. Wyznają Beliara, nieświadomi tego, że Xardas, który im przewodzi, wykorzystuje ich, w celu zakończenia wojny bogów. Przebywają w każdym myrthańskim mieście, walczą z resztkami „ludzkiego” oporu. Do tej frakcji zaliczamy także najemników orków – ludzi którzy przyłączyli się do nich, w celu walki z królem. Współpracują z asasynami. Reputację zdobywamy przede wszystkim, niszcząc obozy buntowników. Najeźdźcy różnią się wśród siebie rangami, są to – herszt, szaman, elita, wojownik i zwiadowca.
Także w Nordmarze, zielonoskórzy mają swoje obozowiska. Są to bracia orków z Myrthany, wrogo do nas nastawieni, walczą z ludźmi północy.
Przywódca: Kan.
Zbroje do zdobycia: lekki pancerz najemnika, pancerz najemnika orków, ciężki pancerz najemnika i pancerz orka.
Nordmarczycy – zamieszkują północne tereny – Nordmar. Silny i wytrwały lud, dzielnie stawiający opór orkom, niegdyś wrogowie Rhobara, teraz jego sprzymierzeńcy. Podzielili się na trzy klany – Wilka, Młota i Ognia. Z wyjątkiem tych ostatnich (wojowników Innosa), nie służą żadnemu z bogów. Reputację głównie zdobywamy odbijając kopalnie klanu młota, przywracając moc przodków, czy też niszcząc obozowiska najeźdźców. Barbarzyńcy, to najlepsi kowale, z całego kontynentu. Jako jedyni, potrafią kuć broń z czystej magicznej rudy.
Przywódca: Poszczególni wodzowie Klanów
Zbroje do zdobycia: lekki pancerz nordmarczyka, pancerz nordmarczyka i ciężki pancerz nordmarczyka. Nie są one rewelacyjne, ale za to ciepłe (odporność na zimno).
Asasyni – bogaci kupcy, wojownicy i czarni magowie, władają Varrantem. Spotkać można ich, w każdym mieście tej krainy. Sprzymierzeńcy orków, są także handlarzami niewolników i mistrzami walki dwoma mieczami. Wypełniają wolę Beliara. Ich zaufanie, łatwo jest zdobyć – przede wszystkim zabijając koczowników i magów wody.
Przywódca: Zuben.
Zbroje do zdobycia: lekki pancerz asasyna, pancerz asasyna i elitarny pancerz asasyna. Dają one odporność na gorąco, te lepsze także na trucizny.
Koczownicy – lud pustyni, niegdyś razem z magami wody, ich duchowymi przywódcami, kroczyli ścieżką wiecznego wędrowca. Teraz walczą z Asasynami, ukrywając się po oazach i jaskiniach. Służą Adanosowi. Reputację, zdobywamy wypędzając ich przeciwników z miast, czy też walcząc z nieumarłymi, ze świątyń.
Przywódca: Saturas
Zbroje do zdobycia: lekkie ubranie koczownika, ubranie koczownika, ciężkie ubranie koczownika i szata wody. „Idealne na gorące dni”.
Gońcy leśni – ludzie lasu, żyją w harmonii z naturą. Dawniej było ich więcej, jednak orkowie zniszczyli ich wioski i teraz ukrywają się w małych obozach. Są wyznawcami Adanosa. Razem z druidami, tworzą obozy. Jeden jest po drodze do montery z Porganem i dwa w okolicach Geldern (z Runakiem i Tornem). Jest jeszcze Bogir, w Klanie Wilka, zleca nam on zabicie białego rozpruwacza, w zamian za jego kamień przemiany, oraz Shakyor (nie uważa się za druida) czekający przed Lago. Działając przeciwko zielonoskórym najeźdźcą, zdobywamy ich wdzięczność.
Przywódca: – Druidzi
Zbroje do zdobycia: ubranie gońca leśnego i szata druida.